Dans le dernier épisode de la saison 2, Nathan se faisait tirer dessus par un tireur inconnu.

Dans le premier épisode de la saison 3, on sait que c’est un Peter du futur, qui était l’auteur des coups de feu. La raison en est simple, la déclaration de Nathan au monde concernant l’existence des gens avec des super pouvoirs fait que ces derniers, ne seront pas considérés comme des citoyens comme les autres, mais ils seront chassés et utilisés comme cobaye.

Sylar reprend ses bonnes habitudes et il trouve Claire, lui découpe le crâne et s’approprie enfin le pouvoir de regénération qu’il voulait tant.

Le Peter du futur, reste un peu dans le présent pour faire le ménage et enferme Peter dans le corps d’un des prisonniers de la “company”.

Hiro Nakamura s’embête en tant que PDG, il découvre que son père était le gardien de la moitié d’une formule chimique pouvant détruire le monde, il hérite de la mission. Durant une brève escapade dans le futur il voit Ando le tuer avec un hadoken.

Nathan ne meurt pas, Parkman se retrouve dans le désert, Nikki s’appelle désormais Tracy. Mohinder est toujours aussi bête mais devient très très fort.