25 ans plus tôt, un vaisseau Romulien attaque un vaisseau de la fédération, tue son capitaine et le second, le capitaine Georges Kirk.
Le reste du vaisseau évacue, incluant la femme de Georges, qui est sur le point d’accoucher.

Quelques années plus tard, le fils de Georges, Jim, s’engage dans Star Fleet. Et c’est (comme par hasard) le moment que choisit le vaisseau Romulien pour refaire son apparition.
Celui-ci vient en effet d’un futur lointain ou Spock n’a pas réussi à sauver la planète Romulienne et ou celle-ci a été détruite. Ceux-ci cherchent donc à se venger et détruisent Vulcain, la planète d’ou Spock est originaire.

Alors que les Romuliens se dirigent vers la terre pour la détruire, Jim Kirk prends le contrôle de l’Enterprise et engage une mission commando sur le vaisseau Romulien, tue tout le monde avec l’aide de Spock et détruit le vaisseau Romulien en créant un trou noir et faisant aspirer celui-ci dedans.

Jim Kirk est donc promu capitaine et dirigera l’USS Enterprise.
Spock, qui a vu sa planète détruite et sa mère tuée sous ses yeux désire arrêter Star Fleet et fonder une famille afin de perpetuer sa race. Mais le Spock du futur, arrivé avec les Romuliens, lui dit que cela n’est pas une bonne idée et il reste donc dans Star Fleet, aux côté de Kirk.

L’USS Enterprise peut donc aller découvrir de nouvelles contrées toujours plus lointaines !